Странно, у меня на Windows 8.1 удаляет только папки .mayaSwatches, возможно в пути есть пробелы и надо последний %%I заключить в кавычки.
Можно менее суровый вариант сделать который удаляет только папки .mayaSwatches из всех папкок в текущем каталоге, но если есть двойная и более вложенность то не все папки .mayaSwatches будут удалены.
for /D %%I in (*) do rd /Q /S "%%I\.mayaSwatches"